6 ноября 2003 года Красноярский крайсуд признал незаконным избрание 27 октября экс-президента компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского сенатором от законодательного собрания Эвенкийского автономного округа, так как за десять дней до этого против него возбудили уголовное дело. 5 февраля 2004 года Мещанский суд Москвы признал господина Шахновского виновным в неуплате налогов на 28,5 млн руб. и приговорил к году тюрьмы, освободив от наказания в связи с "изменением обстоятельств" (выплатил 53 млн руб.). 25 апреля 2005 года спикер челябинского законодательного собрания Виктор Давыдов направил спикеру Совета федерации Сергею Миронову обращение с просьбой отозвать сенатора Владислава Жиганова, которого областная прокуратура заподозрила в незаконном ношении ордена Красного Знамени. 8 июня господин Жиганов добровольно покинул должность, уголовное дело против него не возбудили.

Весной 2006 года Генпрокуратура возобновила расследование дела о хищении в 1997 году $231 млн в МАПО МиГ, одним из подозреваемых по которому был сенатор от парламента Пензенской области Андрей Вавилов. 10 января 2007 года Верховный суд вынес решение о наличии в действиях господина Вавилова состава преступления. Господин Вавилов остается сенатором до сих пор.

12 мая 2006 года Сергей Миронов потребовал освободить сенатора от парламента Ненецкого автономного округа Александра Сабадаша от полномочий "за предпринимательскую деятельность". Ранее против аффилированного с сенатором ликероводочного завода "Ливиз" было возбуждено дело об уклонении от уплаты $7 млн налогов. 23 мая 2006 года господин Сабадаш добровольно покинул пост.

2 июня 2006 года сотрудниками ФСБ задержан и вскоре отпущен сенатор от парламента Калмыкии Левон Чахмахчян. Его обвинили в получении взятки в $300 тыс. от главы совета директоров авиакомпании "Трансаэро" Александра Плешакова за сокрытие информации о проверке компании Счетной палатой. 9 июня парламент Калмыкии прекратил полномочия господина Чахмахчяна. 8 декабря Верховный суд удовлетворил ходатайство Генпрокуратуры о привлечении его к уголовной ответственности.