Занимался бизнесом вместе со своим знакомым по комсомольской работе Олегом Чиркуновым, сотрудником ПГУ КГБ, работавшим в Швейцарии.
Был заместителем генерального директора совместного предприятия СП "Евразия".
С 1990 - генеральный директор предприятия "ЭКС Лимитед" (заместитель гендиректора - О.Чиркунов); которое занималось поставкой продуктов в Пермь из-за рубежа (в частности - шоколадок "Нестле"). Как писал журнал "Профиль",  по слухам, немалую роль в успехах Трутнева сыграли его приятельские отношения с местным милицейским начальством, прежде всего с тогдашним заместителем начальника УВД Пермской области и будущим президентским полномочным представителем в Уральском федеральном округе Петром Латышевым. (Профиль, 29 марта 2004)
     Был членом Совета директоров банка "Заря Урала", в московском филиале которого работала Татьяна Дьяченко (дочь президента Ельцина).   
     В 1994 был избран депутатом Законодательного Собрания Пермской области от Ленинского района Перми. Был председателем комитета по экономической политике и налогам Законодательного Собрания и депутатом Пермской городской думы.
     В 1994-1997 был членом Совета директоров Пермского банка развития.
     С 1996 - президент АО "Э.К.С. Интернешнл", объединившего предприятия группы "ЭКС".
     В декабре 1996 одержал победу на выборах главы Перми в первом туре, получив 61,42% голосов (соперники - мэр Владимир Филь, заместитель мэра Владимир Хлебников, а также еще 4 кандидата). Владимир Зотин ("Яблоко) снял свою кандидатуру в пользу Трутнева и после выборов получил пост вице-мэра.  
     Считался самым сильным соперником Геннадия Игумнова на выборах губернатора области в декабре 2000, однако задолго до выборов заявил, что не будет в них участвовать, после чего Игумнов сообщил, что поддержит Трутнева на выборах мэра Перми.  
     В октябре 2000 после отказа Игумнова  баллотироваться на пост губернатора Пермской области на выборах 3 декабря 2000 Трутнев был выдвинут избирателями кандидатом на этот пост. Игумнов призвал избирателей голосовать на выборах за Трутнева.  
     12 октября 2000 Игумнов вновь вступил в предвыборную борьбу, однако Трутнев остался кандидатом на пост губернатора. Был зарегистрирован Пермской областной избирательной комиссией 17 октября 2000. Перед выборами был поддержан объединением "Яблоко".  
     3 декабря 2000 в первом туре одержал победу на выборах губернатора Пермской области. За Трутнева проголосовало 51,48 % избирателей, пришедших на выборы.
Игумнов занял второе место (34,95%).  
     В 2001 выступил инициатором объединения Пермской области и Коми-Пермяцкого автономного округа (АО).  
     17 февраля 2003 Трутнев и глава Коми-Пермяцкого АО Геннадий Савельев подписали договор и меморандум о создании нового субъекта федерации путем объединения двух регионов.   
     С июля 2003 - член Комиссии правительства РФ по административной реформе. 
     9 марта 2004 был назначен министром природных ресурсов (МПР) РФ. Во многих СМИ говорилось, что это было сделано по рекомендации друга Трутнева министра экономического развития Германа Грефа . (Коммерсантъ, 10 марта 2004) 
     В марте 2004 пост губернатора Пермской области занял О.Чиркунов.
     10 марта 2004 Трутнев заявил о том, что  нецелесообразно проводить выборы губернатора Пермской области в ближайшие полтора года. По его мнению, целесообразнее было бы провести выборы через полтора года, и не губернатора Пермской области, а главы региона, который будет объединять область и Коми-Пермяцкий АО: "Сейчас мы полгода будем проводить выборы, полгода губернатор будет входить в дела, а потом полгода готовиться к следующим выборам". (РИА «Новости», 10 марта 2004)
     15 июня 2004, выступая на Санкт-Петербургском экономическом форуме, заявил, что МПР начало специальную проверку выполнения условий лицензионного соглашения на десяти крупнейших нефтегазовых месторождениях РФ, промышленная добыча на которых еще не начиналась. По словам Трутнева, МПР намеревалось в своей лицензионной политике препятствовать формированию монополии крупных компаний, которые "получают лицензии и на крупные, и на мелкие месторождения, при этом они зачастую и не приступают к разработке - просто отсеивают конкурентов, чтобы монополизировать рынок".  (Коммерсант, 16 июня 2004)
     С июня 2004 - член Морской коллегии при правительстве РФ. 
     11 февраля 2005 сказал, что МПР намерено в ближайшее время провести проверку законности использования земель по всей стране. Проверки начали с Московской области, как наиболее "большого и скандального региона, и они уже завершены". По итогам проверок прокуратурой Московской области были предъявлены акты и предписания по устранению нарушений на 1200 га. По словам Трутнева, было выявлено 1100 незаконных построек в водоохранной зоне. (РИА Новости, 11 февраля 2005 )
C сентября 2005 года - член Правительственная комиссия по совершенствованию взаимодействия федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
     С декабря 2005 - член правительственной комиссии по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы.

Доход за 2004 год составил 109 млн. 661 тыс. 560 руб. ("Министр декларирует абсолютно все доходы. И делал это всегда, даже тогда, когда было модно не светиться, — прокомментировали "АиФ" в пресс-службе министерства. - Основную часть этой суммы он получил от продажи когда-то принадлежащего ему бизнеса в Пермской области. В середине 90-х годов, став губернатором, он расстался с собственным делом, однако по условиям сделки выплаты рассрочены на несколько лет". Юрию Трутневу принадлежат жилой дом 95,3 м2 и три земельных участка: 28, 9 и 7 соток. В Москве он проживает в служебной квартире площадью 153,4 м2 и пользуется двумя машиноместами в гараже. (АиФ, №1-2, 2006). Доход за 2005 г. - 211 млн. р. ("Собеседник", 29 января 2007).

Источники: